Auf Grundlage des Vertrags von Aachen wurde am 22. Januar 2020 der Ausschuss für grenzüberschreitende Zusammenarbeit konstituiert. Als Mitglied in diesem Ausschuss, setzt sich Baden-Württemberg für eine stetige Harmonisierung des Grenzraumes im Sinne der europäischen Integration ein. Der neue Ausschuss ergänzt dabei die über Jahrzehnte etablierten, effizienten trinationalen Strukturen am Oberrhein, in denen die Kantone der Westschweiz fester Bestandteil der Partnerschaft sind. Der Ausschuss wird von den Bevollmächtigten für die deutsch-französische Zusammenarbeit in den deutschen und französischen Außenministerien geleitet. Die Koordinierung obliegt dem Sekretariat des Ausschusses mit Sitz in Kehl.
Die Oberrheinkonferenz (ORK) bildet seit 1991 den institutionellen Rahmen der grenzüberschreitenden deutsch-französisch-schweizerischen Zusammenarbeit am Oberrhein. Sie verbindet die Regierungs- und Verwaltungsbehörden auf regionaler Ebene – auf deutscher Seite durch die Länder Baden-Württemberg und Rheinland-Pfalz, auf Schweizer Seite durch die Kantone Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Aargau, Jura und Solothurn sowie auf französischer Seite durch die staatlichen und gebietskörperschaftlichen Behörden in der Région Grand Est. Ihr Hauptanliegen ist die Vertiefung der dynamischen grenzüberschreitenden Zusammenarbeit der Verwaltungen in der Oberrheinregion. Aus den Arbeitsgruppen der ORK sind herausragende Kooperationsprojekte wie der trinationale Museumspass, das deutsch-französisch-schweizerische Netzwerk der Energie- und Klimaakteure TRION-climate e.V. oder die Allianz der Hochschulen für angewandte Wissenschaften am Oberrhein TriRhenaTech entstanden.
Gemäß dem Bonner Abkommen vom 22. Oktober 1975 verfolgt die deutsch-französisch-schweizerische Regierungskommission den Auftrag, die Prüfung und Lösung von nachbarschaftlichen Fragen in der Oberrheingegend zu erleichtern und damit bestehende Grenzhemmnisse abzubauen. Mit der Basler Vereinbarung vom 21. September 2000 wurde dieser Auftrag erneut bestätigt. Bei den jährlich stattfindenden Sitzungen der trinationalen Regierungskommission beraten und beschließen die nationalen Regierungen der drei Staaten über ihre jeweiligen Außenministerien konkrete, die grenzüberschreitende Kooperation betreffende Fragestellungen mithilfe der Fachexpertise der regionalen Ebene. Sie ist damit die Schaltstelle der Oberrheinkonferenz zu den jeweiligen nationalen Regierungen für alle Fragen, die nicht auf regionaler Ebene geregelt werden können.
Die Trinationale Metropolregion Oberrhein (TMO) im deutsch-französisch-schweizerischen Grenzgebiet setzt sich aus dem Elsass, der Nordwestschweiz, einem Teil der Südpfalz und einem Teil von Baden zusammen. Sie hat sich zum Ziel gesetzt,
- die Ressourcen des Oberrheins als Wirtschaftsraum nachhaltig weiterzuentwickeln,
- für raumrelevante Vorhaben eine gemeinsame Raumordnungspolitik zu entwickeln,
- die Region als attraktiven Lebensraum auszugestalten und
- sich im nationalen und internationalen Wettbewerb optimal zu positionieren.
Die Kooperationsstruktur der TMO ist aufgrund ihrer Gliederung in vier Säulen – Politik, Wissenschaft, Wirtschaft und Zivilgesellschaft – einmalig. Gemeinsam konnten unter anderem die Wissenschaftsoffensive Oberrhein, die Studie zur Umstellung auf erneuerbare Energien „RES_TMO: Nachhaltige Energieversorgung und Speicherung“ oder eine Studie zum Anschluss des Euro-Airports realisiert werden. Am 22. November 2019 wurde von den Mitgliedern die „TMO-Strategie 2030“ unterzeichnet. Diese Strategie definiert die gemeinsamen Ziele der TMO-Mitglieder für das kommende Jahrzehnt und präsentiert konkrete Vorschläge, wie diese erreicht werden können. Dabei wurden strategische Weichen gestellt und Synergien geschaffen mit dem Vertrag von Aachen, dem INTERREG Programm Oberrhein sowie der Partnerschafts-Konzeption Baden-Württemberg & Frankreich.
Der deutsch-französisch-schweizerische Oberrheinrat (gegründet 1997) ist die Versammlung der politisch gewählten Abgeordneten der Trinationalen Metropolregion Oberrhein. Primäre Aufgaben des Oberrheinrats sind die gegenseitige Information und die politische Absprache zu wichtigen, die Grenzregion betreffenden Fragen. Weiter ist er Impulsgeber für neue grenzüberschreitende Initiativen und richtet hierfür seine Resolutionen unmittelbar an die regionalen und nationalen Regierungen, die Oberrheinkonferenz, die Europäische Union und weitere Adressaten.
Die vier Eurodistrikte – Eurodistrikt Strasbourg-Ortenau, Eurodistrikt PAMINA, Eurodistrikt der Region Freiburg/Centre et Sud-Alsace und der Trinationale Eurodistrikt Basel – sind kommunale Zusammenschlüsse in den grenzüberschreitenden Kooperationsräumen am Oberrhein. Mit dem Ziel, regionale Identitäten zu fördern, stärken sie zusätzlich zu ihrer beratenden Tätigkeit als „europäische Pilotregionen“ auf lokaler Ebene die Zusammenarbeit der deutschen und französischen Gemeinden, ermöglichen die Entwicklung und Abstimmung gemeinsamer Entscheidungen sowie die Erarbeitung und Umsetzung vielseitiger grenzüberschreitender Programme und Projekte für die Bürgerinnen und Bürger auf beiden Seiten des Rheines.